Hii ni baada ya klabu yake kulazwa 3-1 na Manchester City mechi ya Ligi Kuu England Jumapili .
Wenger anaamini mshambuliaji wa City Raheem Sterling alijiangusha na kupewa penalti ambayo iliwasaidia wenyeji kupata bao la pili.
Kadhalika, anaamini bao la tatu halikufaa kukubaliwa kwani lilikuwa la kuotea.
"Nafikiri waamuzi hawafanyi kazi ya kutosha," amesema Wenger.
"Viwango vinashuka kila msimu kwa sasa, na kwa jumla, haikubaliki."
Mambo yakiwa 1-0, refaMichael Oliver aliwazawadi City baada ya Sterling kuanguka alipokabiliwa na Nacho Monreal wa Arsenal.
Sergio Aguero alifunga penalti hiyo.
Baada ya Alexandre Lacazette kukombolea Gunners bao moja, Gabriel Jesus alifungia City bao la tatu lakini David Silva alikuwa amejenga kibanda ardhi ya Arsenal.
"Ninaamini hiyo haikuwa penalti," Wenger aliambia BBC Sport.
"Tunajua kwamba Raheem Sterling hujiangusha vyema, huwa anajiangusha vizuri sana.
"Bao la tatu lilikuwa la kuotea. Inaniuma sana kwa sababu tulikuwa 2-1 na tulikuwa na matumaini kwenye mechi.
"Bao la tatu lilituumbua na ni sadfa kwamba makosa wakati wote wanaifaa timu hii iliyokuwa inacheza nyumbani, kama tujuavyo. Unaweza kukubali iwapo City wanashinda ka njia halali, lakini hili halikubaliki."
Ushindi huo ulikuwa wa tisa mfululizo kwa City, ambayo ni rekodi kwa klabu hiyo msimu mmoja.
Meneja Pep Guardiola alikataa kuzungumzia maamuzi ya refa.
2Tulishinda kwa njia bora zaidi," Mhispania huyo alisema. "Wakati mwingine mambo kama haya hutokea.
"Niliambiwa kwamba lilikuwa bao la kuotea na sitaki kushinda kwa njia hii, lakini mapema msimu huu Arsenal waliwashinda Burnley kwa bao la kufungwa kwa mkono dakika ya 96."